Τα δύο ΜΔΕ (Ρ/Η-ΗΑ) λειτουργούν με ενιαίο κανονισμό, εφόσον αποτελούν «κατευθύνσεις» ενός ενιαίου Διατμηματικού ΠΜΣ με ενιαία οικονομική, διοικητική και γραμματειακή υποστήριξη και σε επίπεδο ακαδημαϊκής διοίκησης, με μία Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ).

Η διάρκεια των κανονικών σπουδών (full time) ορίζεται σε 3 διδακτικά εξάμηνα με αντιστοίχιση προς  90 πιστωτικές μονάδες (ΠΜ, ECTS).

Για τη λήψη του Μ.Δ.Ε., οι ΜΦ οφείλουν να εξεταστούν επιτυχώς σε 12 μαθήματα, καθώς και να εκπονήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε διπλωματική εργασία ή να εξεταστούν επιτυχώς σε 15 μαθήματα χωρίς την υποχρέωση εκπόνησης διπλωματικής εργασίας. 

• Ειδικότερα, στο Α΄ εξάμηνο οι ΜΦ οφείλουν να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς στα 5 υποχρεωτικά μαθήματα. 
• Στο Β΄ εξάμηνο έχουν τη δυνατότητα να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς σε 5 μαθήματα επιλογής (από τον πίνακα μαθημάτων του κάθε Μ.Δ.Ε.). 
• Στο Γ΄ εξάμηνο έχουν τη δυνατότητα να παρακολουθήσουν και να εξεταστούν επιτυχώς είτε σε 5 μαθήματα επιλογής (από τον πίνακα μαθημάτων του κάθε Μ.Δ.Ε.) είτε σε 2 μαθήματα επιλογής και παράλληλα να εκπονήσουν μια διπλωματική εργασία, η οποία ισοδυναμεί με 3 μαθήματα, δηλαδή με 18 ΠΜ. 
• Η επιλογή θέματος διπλωματικής εργασίας μπορεί να γίνει από το Β΄ εξάμηνο. Για κάθε διπλωματική εργασία ορίζεται 3μελής επιτροπή εξέτασης και η εξέταση γίνεται με δημόσια παρουσίαση. 
• Όλα τα μαθήματα είναι ισοδύναμα και αντιστοιχούν σε 6 ΠΜ το καδένα. 
• Οι ώρες παρακολούθησης/εξάσκησης κάθε μαθήματος είναι 3 ώρες την εβδομάδα συμπεριλαμβανόμενων τυχόν φροντιστηριακών ή/και εργαστηριακών ασκήσεων. 

Τα 5 υποχρεωτικά μαθήματα του Α΄ εξαμήνου είναι τα εξής:

Τα μαθήματα του Β΄ και Γ΄ εξαμήνου επιλέγονται από την παρακάτω λίστα μαθημάτων: 

Οι εισερχόμενοι που προέρχονται από σχολές ΤΕΙ/ΑΣΠΑΙΤΕ/ΣΕΛΕΤΕ θα χρεώνονται, κατά περίπτωση και ανάλογα με το γνωστικό τους υπόβαθρο, ορισμένα προπτυχιακά μαθήματα (μέχρι 5 από μια λίστα 7 μαθημάτων) με εισήγηση της ΕΔΕ κατά την επιλογή τους στο ΜΔΕ.