H διοίκηση του ΔΠΜΣ πραγματοποιείται από την Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), την Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ) και τον/την Διευθυντή/ντρια και τον/την Αναπληρωτή/τρια Διευθυντή/ντρια του ΔΠΜΣ.

Η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ)

Η Ειδική Διατμηματική Επιτροπή είναι επταμελής και συγκροτείται από πέντε (5) μέλη ΔΕΠ των συνεργαζόμενων Τμημάτων, που είναι και διδάσκοντες στο ΔΠΜΣ, και δύο (2) εκπροσώπους μεταπτυχιακών φοιτητών, ένας από κάθε ειδίκευση. Η κατανομή των μελών ανά συνεργαζόμενο φορέα έχει ως εξής:

• Τρία (3) μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Φυσικής και
• Δύο (2) μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών.

Η θητεία των μελών ΔΕΠ της ΕΔΕ είναι διετής και εκλέγονται από τις Συνελεύσεις των δύο Τμημάτων, ενώ η θητεία των εκπροσώπων των μεταπτυχιακών φοιτητών είναι μονοετής. Τα μέλη ΔΕΠ που συμμετέχουν στην ΕΔΕ δεν δικαιούνται επιπλέον αμοιβή ή αποζημίωση για τη συμμετοχή τους στην επιτροπή.

Ο/Η Πρόεδρος της ΕΔΕ προέρχεται από το Τμήμα Φυσικής, είναι μέλος ΔΕΠ της πρώτης βαθμίδας ή της βαθμίδας του Αναπληρωτή Καθηγητή και είναι του ίδιου ή συναφούς αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του ΔΠΜΣ. Η θητεία του/της Προέδρου της ΕΔΕ είναι διετής και μπορεί να ανανεωθεί μέχρι μια φορά.

• Η ΕΔΕ αποφασίζει ως προς την οικονομική διαχείριση και ειδικότερα ως προς την έγκριση των δαπανών του προγράμματος και θα πιστοποιεί τη σχέση εκπαιδευτικών αναγκών του συγκεκριμένου προγράμματος με τις εκάστοτε αιτούμενες δαπάνες. Διαχειρίζεται τα οικονομικά θέματα του ΔΠΜΣ και τηρεί τα αντίστοιχα στοιχεία με την υποστήριξη για τη καταγραφή τους της γραμματείας του ΔΠΜΣ.
• Η ΕΔΕ επιβλέπει τη λειτουργία του ΔΠΜΣ σύμφωνα με τον παρόντα κανονισμό, ερμηνεύει τις διατάξεις του σύμφωνα με την υπάρχουσα νομολογία και λαμβάνει όλες τις αποφάσεις που διευκρινίζουν/συμπληρώνουν σημεία και τυχόν κενά του παρόντος κανονισμού.
• Προσδιορίζει και καταγράφει: α) τις πιθανές μελλοντικές ανάγκες του ΔΠΜΣ σε γνωστικά αντικείμενα και διδάσκοντες και β) τυχόν δυσλειτουργίες του ΔΠΜΣ, με στόχο την προσαρμογή ή/και τη βελτίωση του ΔΠΜΣ στα επιστημονικά/τεχνολογικά δεδομένα της κάθε πενταετίας.
  
  

Η Συντονιστική Επιτροπή (ΣΕ)

Αποτελείται από τα πέντε (5) μέλη ΔΕΠ των συνεργαζόμενων φορέων, τα οποία συμμετέχουν στην ΕΔΕ. Ο/Η Πρόεδρος της ΣΕ είναι και Πρόεδρος της ΕΔΕ. Η ΣΕ είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος. Η ΣΕ είναι αρμόδια για την παρακολούθηση και τον συντονισμό της λειτουργίας του προγράμματος και:

• Εισηγείται στην ΕΔΕ την κατανομή του διδακτικού έργου μεταξύ των διδασκόντων του ΔΠΜΣ.
• Ορίζει τον/την επιβλέποντα/πουσα και τα μέλη της τριμελούς επιτροπής εξέτασης διπλωματικών εργασιών, ο ορισμός της οποίας επικυρώνεται από την ΕΔΕ.
• Εξετάζει φοιτητικά θέματα, όπως αιτήσεις αναστολής φοίτησης, παράτασης σπουδών, κ.ά., και εισηγείται σχετικά στην ΕΔΕ. 
• Επιβλέπει τη λειτουργία του παρόντος κανονισμού, ερμηνεύει τις διατάξεις του σύμφωνα με την υπάρχουσα νομολογία.
  
  

O/Η Διευθυντής/ντρια και ο/η Αναπληρωτής/τρια Διευθυντής/ντρια του ΔΠΜΣ

Ο/Η Διευθυντής/ντρια του ΔΠΜΣ και ο/η Αναπληρωτής/τρια του είναι μέλη ΔΕΠ πρώτης βαθμίδας ή της βαθμίδας του Αναπληρωτή Καθηγητή και είναι του ίδιου ή συναφούς αντικειμένου με το γνωστικό αντικείμενο του ΔΠΜΣ. Ο/Η Διευθυντής/ντρια του ΔΠΜΣ εκτελεί ταυτόχρονα τα καθήκοντα του/της Προέδρου της ΕΔΕ και της ΣΕ. Ο/Η Αναπληρωτής/τρια Διευθυντής/ντρια προέρχεται από το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών και αναπληρώνει τον/την Πρόεδρο όταν αυτός/ή απουσιάζει για οποιονδήποτε λόγο. Ο/Η Διευθυντής/ντρια του ΔΠΜΣ εισηγείται στα αρμόδια όργανα του Ιδρύματος για κάθε θέμα που αφορά την αποτελεσματική λειτουργία του προγράμματος και έχει τις εξής αρμοδιότητες:

• Συγκαλεί σε συνεδρίαση τη ΣΕ.
• Καταρτίζει την ημερήσια διάταξη των εν λόγω συνεδριάσεων, λαμβάνοντας υπόψη εισηγήσεις των μελών και οργάνων του ΔΠΜΣ.
• Ορίζει εκλογές για την αναπλήρωση μελών επιτροπών λόγω κένωσης θέσης.
• Έχει την ευθύνη σύνταξης του προϋπολογισμού και απολογισμού του Προγράμματος, τους οποίους υποβάλλει στην ΕΔΕ για έγκριση.
• Είναι υπεύθυνος/η για την παρακολούθηση της εκτέλεσης του προϋπολογισμού.
• Κατά τη λήξη της θητείας του, καθώς και της ΣΕ, συντάσσει αναλυτικό απολογισμό του ερευνητικού και εκπαιδευτικού έργου του ΔΠΜΣ, καθώς και των λοιπών δραστηριοτήτων του, με στόχο την αναβάθμιση των σπουδών, την καλύτερη αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού, τη βελτιστοποίηση των υφιστάμενων υποδομών και την κοινωνικά επωφελή χρήση των διαθέσιμων πόρων του ΔΠΜΣ.