H διοίκηση του ΔΠΜΣ πραγματοποιείται από την Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), η οποία απαρτίζεται από 5 μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Φυσικής και 5 μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών, και επέχει τη θέση Γενικής Συνέλευσης Ειδικής Σύνθεσης. Τα μέλη της επιτροπής εκλέγονται από τις Γενικές Συνελεύσεις Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ) των δύο Τμημάτων. Η ΕΔΕ εκλέγει τον Πρόεδρο τηε ΕΔΕ, ο οποίος προεδρεύει στις συνελεύσεις της. Στην επιτροπή συμμετέχουν επίσης δύο εκπρόσωποι των μεταπτυχιακών φοιτητών (ένας από κάθε ειδίκευση). 

Τμήμα Φυσικής:

• Δ. Ρεΐσης - Καθηγητής  (Πρόεδρος)
• Ι. Τίγκελης - Καθηγητής
• Δ. Φραντζεσκάκης - Καθηγητής
• Ε. Νισταζάκης - Αναπλ. Καθηγητής
• Α. Τζανακάκη - Αναπλ. Καθηγήτρια

Τμήμα Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών:

• Π. Μαθιόπουλος - Καθηγητής
• Α. Πασχάλης - Καθηγητής
• Δ. Συβρίδης - Καθηγητής
• Ι. Κοτρώνης - Αναπλ. Καθηγητής
• Ε. Χατζηευθυμιάδης - Αναπλ. Καθηγητής