H διοίκηση του ΔΠΜΣ πραγματοποιείται από την Ειδική Διατμηματική Επιτροπή (ΕΔΕ), η οποία απαρτίζεται από 5 μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Φυσικής και 5 μέλη ΔΕΠ του Τμήματος Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών, και επέχει τη θέση Γενικής Συνέλευσης Ειδικής Σύνθεσης. Τα μέλη της επιτροπής εκλέγονται από τις Γενικές Συνελεύσεις Ειδικής Σύνθεσης (ΓΣΕΣ) των δύο Τμημάτων. Η ΕΔΕ εκλέγει τον Πρόεδρο τηε ΕΔΕ, ο οποίος προεδρεύει στις συνελεύσεις της. Στην επιτροπή συμμετέχουν επίσης δύο εκπρόσωποι των μεταπτυχιακών φοιτητών (ένας από κάθε ειδίκευση). 

Τμήμα Φυσικής:

• Ι. Τίγκελης - Καθηγητής (Πρόεδρος)
• Γ. Τόμπρας - Καθηγητής
• Κ. Αϊδίνης - Αναπλ. Καθηγητής
• Γ. Αλεξάκης - Επικ. Καθηγητής
• Δ. Ρεΐσης - Επικ. Καθηγητής

Τμήμα Πληροφορικής & Τηλεπικοινωνιών:

• Α. Πασχάλης - Καθηγητής
• Ε. Χατζηευθυμιάδης - Αναπλ. Καθηγητής
• Δ. Μαρούλης - Καθηγητής
• Ι. Κοτρώνης - Επικ. Καθηγητής
• Σ. Καραμπογιάς - Επικ. Καθηγητής